Новые нуклеозиды, имеющие бициклическую сахарную группировку, и содержащие их олигонуклеотиды
Авторы патента:
Изобретение относится к нуклеозидам формулы (I), имеющим бициклическую сахарную группировку, содержащую 2',4'-мостиковую связь, и олигонуклеотидам на их основе. Олигонуклеотиды по изобретению обладают высокой аффинностью по отношению к нуклеиновым кислотам-мишеням и могут найти применение в медицине. 3 с. и 1 з.п.ф-лы., 1 табл.
Область изобретения Областью изобретения являются нуклеозидные и олигонуклеотидные аналоги и способы их получения.
Предпосылки Нуклеозидные и олигонуклеотидные аналоги долгое время применяли в качестве фармацевтических ингредиентов против ряда вирусов и некоторых видов рака. В настоящее время целый ряд нуклеозидных и нуклеотидных аналогов находится в клинических испытаниях для лечения некоторых болезней. В клетке нуклеозиды и нуклеотиды фосфорилируются или дополнительно фосфорилируются до соответствующих нуклеозидтрифосфатов. Нуклеозидтрифосфаты являются ингибиторами ДНК- или РНК-полимераз. Нуклеозидтрифосфаты также могут встраиваться в ДНК или РНК, что препятствует элонгации ДНК или РНК. Активные нуклеозидные аналоги обычно быстро фосфорилируются в клетке-мишени. Соответствующие нуклеозидтрифосфаты имеют высокое сродство к каталитическим сайтам полимераз и конкурируют с природными нуклеозидтрифосфатами в качестве субстрата полимераз. Определенные нуклеозидные аналоги работают на нуклеозидном или монофосфатном уровне. Одна группа перспективных нуклеозидных аналогов представляет собой нуклеозиды с конформационно замкнутыми сахарными группировками. Сообщалось, что определенные конформационно замкнутые карбоциклические нуклеозидные аналоги продемонстрировали потенциальную активность против HCMV (человеческого цитомегаловируса), HSV (вируса простого герпеса) и EBV (вируса Эпштейна-Барра) (Siddiqui et al. Nucleosides Nucleotides 1996, 15, 235-250; Marquez et al. J. Med. Chem. 1996, 39, 3739-3747). Было описано, что конформационно замкнутый карбоциклический АZТ-5'-трифосфат (азидотимидин-5'-трифосфат) является эквипотентным ингибитором обратной транскриптазы HIV (вируса иммунодефицита человека) (Marquez et al. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2780-2789). Были также получены другие нуклеозиды с бициклическими сахарными группировками, даже если у них не была обнаружена активность (Chao et al. Tetrahedron 1997, 53, 1957-1970; Okabe et al. Tetrahedron Lett. 1989, 30, 2203-2206, Hong, et al. Tetrahedron Lett. 1998, 39, 225-228). Ожидают, что подходящие конформационно замкнутые нуклеозиды имеют положительное воздействие на антисмысловые олигонуклеотиды. В течение двух последних десятилетий олигонуклеотиды рассматривают и применяют в качестве потенциальных лекарств на основе антисмысловых олигонуклеотидов. Олигонуклеотиды способны образовывать двойную или тройную спираль с комплементарными ДНК или РНК и обладают способностью взаимодействовать со специфическими последовательностями в вирусном и раковом геноме. Специфическое связывание олигонуклеотидов с интересующими ДНК- или РНК-мишенями, по-видимому, инактивирует функцию, ассоциированную с ДНК или РНК, такую как репликация, транскрипция и трансляция. Вследствие этого можно прервать вирусные циклы или злокачественные процессы, не затрагивая нормальных клеточных циклов. Поскольку природные олигонуклеотиды чувствительны к клеточным и внеклеточным нуклеазам, было предпринято много усилий в изучении олигонуклеотидных модификаций, особенно тех модификаций, которые направлены на повышение устойчивости к нуклеазам и аффинности связывания. Было показано, что олигонуклеотиды, содержащие определенные бициклические нуклеозиды, демонстрируют повышенную нуклеазную стабильность (Leumann et al. Bioorg. Med. Chem. Letts. 1995, 5, 1231-4; Altmann et al. Tetrahedron Lett. 1994, 35, 2331-2334, 7625-7628). Недавно были синтезированы и встроены в олигонуклеотиды 2'-O, 4'-С-метиленрибонуклеозиды, которые имеют замкнутую 3'-эндо-сахарную "складку". Гибридизационный анализ показывает, что конформационно замкнутые нуклеозиды могут существенно увеличить гибридизацию модифицированных олигонуклеотидов с комплементарными РНК и ДНК (Obika et al. Tetrahedron Lett. 1997, 38, 8735-8738; Koshkin et al. Tetrahedron 1998, 4, 3607-3630). Существует необходимость в новых конформационно замкнутых нуклеозидах с бициклическими сахарными группировками. Такие новые нуклеозиды будут полезны для противовирусного, противоопухолевого и другого лечения. Кроме того, олигонуклеотиды, состоящие из этих новых модифицированных нуклеозидов, могут обладать желаемой стабильностью по отношению к клеточным нуклеазам и высокой аффинностью связывания с нуклеиновыми кислотами-мишенями. Поэтому эти олигонуклеотиды могут быть потенциально полезными для лечения и диагностики. Краткое изложение сущности изобретения Описаны конформационно замкнутые бициклические сахарные нуклеозиды, которые имеют общую геометрическую форму, а также способы получения конформационно замкнутых бициклических сахарных нуклеозидов. Предложены нуклеозиды, имеющие бициклические сахарные группировки, и олигонуклеозиды, имеющие следующую формулу:


Бициклонуклеозиды, имеющие сахарную группировку с 2',4'-мостиковой связью, синтезировали из продуктов конденсации силилированных нуклеозидных оснований и бициклических сахаров, как показано ниже. Конденсация 13 с бис(триметилсилил)тимином давала продукт 14, представляющий собой



Конденсация 13 с 6-хлор-9-триметилсилилпурином давала смесь






Обработка 17 и 16 аммиаком в метаноле с последующим гидрогенолизом давала аналоги аденозина 18 и 19 соответственно. Гидрогенолиз требовал большого количества каталитического материала, а также длительного времени реакции вследствие повышенного стерического препятствия из-за наличия сахарной группировки. Обработка 17 и 16 меркаптоэтанолом в присутствии метилата натрия с последующим гидрогенолизом дает аналоги инозина 20 и 21 соответственно.


18, X = NH2;
19, X = NH2;
20, X = OH;
21, X = OH. Конденсация 13 с силилированным N2-ацетилгуанином дает производное






Как описано выше, реакции конденсации давали либо исключительно
















24, X = OH, Y = Me;
25, X = OH, Y = H;
26, X = NHBz, Y = H;
27, X = OH, Y = Me;
28, X = OH, Y = H;
29, X = NHBz, Y = H;
30, X = NH2, Y = H. Также была исследована конденсация 12 с силилированными пуринами вместе с хлоридом олова (IV) в качестве реагента сочетания. В отличие от реакций с пиримидинами конденсация силилированного 6-хлорпурина с 12 давала не только











Стереохимические распределения производного 2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана 11 и бициклонуклеозидов, образованных при конденсации бициклических сахаров с силилированными нуклеозидными основаниями, можно определить с помощью NОЕ (ядерного эффекта Оверхаузера), протонного ЯМР. Как показано с помощью указанной модели, жесткая кольцевая система диоксабицикло[3,2,1] октана заставляет протоны (Н1' и Н2') при С1' и С2'






Бициклический





34, X = OH, Y = Me;
35, X = NMAc, Y = H;
36, X = NHBz, Y = H;
37, X = OH, Y = Me;
38, X = NHAc, Y = H;
39, X = NHBz, Y = H. ПРИМЕРЫ
Способы синтеза, которые были использованы для получения описанных соединений, можно также использовать для синтеза других заявленных соединений. Настоящее изобретение включает в себя, но не ограничивается этим, соединения, полученные в следующих примерах. Номера в скобках, указанные после названий соединений в примерах, соответствуют номерам структур в разделе детального описания. Пример 1
Получение 1-




Получение 2-С,2-O-дидегидро-

К перемешиваемому раствору 1-


Получение 2-дезокси-2-метилен-1-

К перемешиваемой суспензии метилтрифенилфосфония бромида (21,5 г, 60,1 ммоль) в безводном эфире (1380 мл) при комнатной температуре в атмосфере аргона добавили раствор трет-пентаоксида натрия (5,97 г, 54,0 ммоль) в безводном бензоле (50 мл). Полученную светло-желтую смесь перемешивали при комнатной температуре в течение 6 часов и охлаждали до -10oС, затем добавили раствор 2-С, 2-О-дидегидро-


Получение 2-дезокси-2-метилен-1-

К перемешиваемому раствору 2-дезокси-2-метилен-1-

Получение 3-O-бензил-5-O-(трет-бутилдиметилсилил)-2-дезокси-2-метилен-1-

Раствор 2-дезокси-2-метилен-1-


Получение 3-O-бензил-5-O-(трет-бутилдиметилсилил)-2-дезокси-2-гидроксиметил-1-

К перемешиваемому раствору 3-О-бензил-5-О-(трет-бутилдиметилсилил)-2-дезокси-2-метилен-1-


Получение 3-O-бензил-2-дезокси-2-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-1-

Раствор 3-O-бензил-5-O-(трет-бутилдиметилсилил)-2-дезокси-2-гидроксиметил-1-


Получение 3-O-бензил-2-дезокси-2-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-5-С, 5-О-дидегидро-1-

К перемешиваемому раствору 3-O-бензил-2-дезокси-2-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-1-

Получение 3-O-бензил-2-дезокси-2-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-4-С-гидроксиметил-1-

К перемешиваемому раствору 3-O-бензил-2-дезокси-2-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-5-С, 5-O-дидегидро-1-


Получение 3-O-бензил-2-дезокси-2-гидроксиметил-5-O-мезил-4-мезилоксиметил-1-

К перемешиваемому раствору 3-O-бензил-2-дезокси-2-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-4-С-гидроксиметил-1-


Получение (1S, 3S,4R,8S)-8-бензилокси-1-гидроксиметил-3-метокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (11)
К перемешиваемой смеси NaH (60% в минеральном масле, 1,83 г, 22,90 ммоль) в безводном THF (200 мл) добавили раствор 3-O-бензил-2-дезокси-2-гидроксиметил-5-O-мезил-4-мезилоксиметил-1-


Получение (1R, 3S,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-метокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (12)
Раствор (1S, 3S,4R,8S)-8-бензилокси-1-гидроксиметил-3-метокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (1,60 г, 5,71 ммоль), уксусный ангидрид (1,08 мл, 11,42 ммоль) и DMAP (2,09 г, 17,13 ммоль) в безводном метиленхлориде (10 мл) перемешивали при комнатной температуре в течение 2 часов, затем охладили до oС и разбавили метанолом (4 мл). Смесь перемешивали при комнатной температуре в течение 15 минут, разбавили метиленхлоридом, промывали солевым раствором и затем 10%-ным NaHCO3, высушивали (Na2SO4) и концентрировали до сухого состояния. Хроматография на диоксиде кремния с использованием смеси этилацетат-гексаны (1:1) дала 1,82 г (99%) указанного в заголовке соединения в виде бесцветного сиропа. 1H-ЯМР (CDCl3):

Аналитически рассчитано для C17H22O6,%: С 63,34; Н 6,88. Обнаружено,%: С 63,41; Н 6,94. Пример 13
Получение (1R, 3S, 4R,8S)-3-ацетокси-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (13)
К перемешиваемому раствору (1S,3S,4R,8S)-8-бензилокси-1-гидроксиметил-3-метокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (600 мг, 2,14 ммоль) в смеси уксусной кислоты (6 мл) и уксусного ангидрида (0,6 мл) при oС добавляли по каплям концентрированную серную кислоту (57 мкл, 1,07 ммоль). Полученную реакционную смесь перемешивали при 0oС в течение 10 минут и затем при комнатной температуре в течение 2 часов. После охлаждения до 0oС раствор разбавили с помощью ЕtOАс, трижды промывали солевым раствором и затем 10%-ным бикарбонатом натрия, высушивали (Na2SO4) и концентрировали до сухого состояния. Хроматография на диоксиде кремния с использованием смеси ЕtOАс-гексаны (2:3) дала 696 мг (93%) указанного в заголовке соединения (




Получение (1R, 3S, 4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(тимин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (14)
Смесь тимина (189 мг, 1,5 ммоль) и безводного сульфата аммония (15 мг) в HMDS (6 мл) нагревали с обратным холодильником в течение ночи. После удаления HMDS осадок выпаривали совместно с безводным м-ксилолом, высушивали под вакуумом в течение 30 минут и растворяли в растворе (1R,3S,4R,8S)-3-ацетокси-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (306 мг, 0,87 ммоль) в 1,2-дихлорэтане (5 мл). К этому перемешиваемому раствору в атмосфере аргона добавляли по каплям триметилсилилтрифлат (0,38 мл) в 1,2-дихлорэтане (2 мл). Полученный раствор нагревали с обратным холодильником в течение 2 часов, затем охладили до 0oС, разбавили хлороформом и нейтрализовали 10%-ным NаНСО3 (10 мл). Органический слой отделяли, а водный слой дважды экстрагировали хлороформом. Объединенный органический слой высушивали (Na2SO4) и концентрировали до сухого состояния. Кристаллизация из EtOAc-CH2Cl2 дала указанное в заголовке соединение (303 мг, 83%) в виде бесцветного твердого вещества, т.пл. 198-200oС. 1H-ЯМР (CDCl3):

Получение (1S,3S,4R,8S)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-3-(тимин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (15)
К раствору (1R,3S,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(тимин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана в безводном метиленхлориде (3 мл) при 10oС добавили трихлорид бора (1,0 М в CH2Cl2, 6 мл). Полученную реакционную смесь перемешивали при температуре от 15oС до комнатной температуры в течение ночи и затем охладили до 0oС. Добавляли по каплям метанол (1,5 мл) и полученную смесь перемешивали при 0oС в течение 15 минут с последующим добавлением триэтиламина (2 мл). Растворитель выпаривали, а осадок тщательно экстрагировали теплым ацетоном. Ацетоновый раствор высушивали (Na2SO4) и концентрировали до сухого состояния. Хроматография на диоксиде кремния с использованием 10%-ного метанола в хлороформе дала 99 мг соединения 20 в виде белой пены. Кристаллизация из ацетона дала 95 мг (93%) указанного в заголовке соединения в виде бесцветного твердого вещества, т.пл. 225-226oС. 1H-ЯМР (DMSO-d6):

Получение (1R,3R,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(6-хлорпурин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (17) и (1R,3S,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(6-хлорпурин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (16)
Смесь 6-хлорпурина (246 мг, 1,6 ммоль) и HMDS (8,0 мл) кипятили с обратным холодильником в атмосфере аргона в течение 2 часов. HMDS выпаривали, осадок высушивали под вакуумом в течение 30 минут и затем растворяли в растворе (1R, 3S,4R,8S)-3-ацетокси-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (302 мг, 0,83 ммоль) в безводном 1,2-дихлорэтане (5,0 мл) с последующим добавлением триметилсилилтрифлата (0,38 мл, 2,25 ммоль) в 1,2-дихлорэтане (2,0 мл). Полученный раствор нагревали с обратным холодильником в атмосфере аргона в течение 45 минут. Способ получения аналогичен способу, описанному ранее. Хроматография на диоксиде кремния с использованием смеси ЕtOАс-гексаны (1: 1) дала (1R,3S,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(6-хлорпурин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октан (122 мг,






Получение (1R, 3S, 4R, 8S)-1-ацетоксиметил-3-(N2-ацетилгуанин-9-ил)-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (22)
Смесь N2-ацетилгуанина (193 мг, 1,0 ммоль) и сульфата аммония (20 мг) в пиридине (1,0 мл) и HMDS (5,0 мл) кипятили с обратным холодильником в атмосфере аргона в течение 3 часов. Полученный прозрачный раствор концентрировали и выпаривали вместе с ксилолом (10 мл, сухой натрий). Осадок высушивали под вакуумом при 50oС в течение 1 часа и растворили в растворе (1R,3S, 4R, 8S)-3-ацетокси-1 -ацетоксиметил-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (175 мг, 0,5 ммоль) в безводном 1,2-дихлорэтане (5 мл) с последующим добавлением триметилсилилтрифлата (0,27 мл, 1,5 ммоль) в 1,2-дихлорэтане (1,0 мл). Полученный раствор перемешивали при комнатной температуре в атмосфере аргона в течение 30 минут, затем нагревали при 70-75oС в течение 2 часов, охладили до 0oС и нейтрализовали 10%-ным бикарбонатом натрия (10 мл). Полученную смесь перемешивали в течение 15 минут и органический слой отделили. Водный слой дважды экстрагировали хлороформом. Объединенные органические слои высушивали (Na2SO4) и концентрировали до сухого состояния. Хроматография на диоксиде кремния с использованием 10%-ного этанола в СНСl3-ЕtOАс (1: 1) дала указанное в заголовке соединение (72 мг, 30%) в виде бесцветного твердого вещества, т.пл. 249oС (с разложением, ЕtOАс). 1H-ЯМР (CDCl3):

Получение (1S, 3R, 4R, 8S)-3-(аденин-9-ил)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (18)
Раствор (1R, 3R, 4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(6-хлорпурин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (100 мг, 0,225 ммоль) в смеси диоксана (20 мл) и 30%-ного водного гидроксида аммония (20 мл) нагревали в стальном автоклаве при 100oС в течение 16 часов. Растворители выпаривали и осадок растворили в метаноле с последующим добавлением 20%-ного гидроксида палладия на угле (~50% воды, 3 х 250 мг, добавляемой ежедневно). Гидрогенолиз проводили при комнатной температуре под давлением 379,22 кПа водорода в течение 4 дней. Катализатор отфильтровывали и промывали метанолом. Объединенный метанольный раствор сконцентрировали и осадок подвергли хроматографии на диоксиде кремния с использованием 20%-ного метанола в метиленхлориде с получением указанного в заголовке соединения (39 мг, 59%) в виде бесцветного твердого вещества, которое кристаллизовали из метанола, т.пл. 250oС (с разложением). 1H-ЯМР (DMSO-d6 + D2O):

Получение (1S, 3S, 4R, 8S)-3-(аденин-9-ил)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (19)
Способ, аналогичный описанному в примере 18, дал указанное в заголовке соединение (43 мг, 65%) в виде бесцветного твердого вещества из (1R,3S,4R, 8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(6-хлорпурин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (100 мг). 1H-ЯМР (CD3OD):

Получение (1S, 3R, 4R,8S)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-3-(гипоксантин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (20)
К раствору (1R,3R,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(6-хлорпурин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (150 мг, 0,34 ммоль) и меркаптоэтанола (0,19 мл, 2,7 ммоль) в метаноле (20 мл) добавили метилат натрия (0,37 мл 5,4 М раствора в метаноле, 2,0 ммоль). Полученный раствор нагревали с обратным холодильником в течение 6 часов, охладили до комнатной температуры, нейтрализовали 10%-ным АсОН до рН 7. Метанол выпаривали и осадок разбавили 1,0 М NаНСО3 (15 мл) с последующей экстракцией 10%-ным метанолом в хлороформе до полного выделения продукта из водной фазы. Объединенный органический слой высушивали (Na2SO4) и концентрировали до сухого состояния. Хроматография на диоксиде кремния с использованием 10-15%-ного метанола в хлороформе дала 109 мг (84%) производного инозина (не показано) в виде бесцветного твердого вещества, 100 мг (0,26 ммоль) которого растворили в метаноле с последующим добавлением 20%-ного гидроксида палладия на угле (50% воды, 600 мг). Гидрогенолиз проводили при комнатной температуре под давлением 344,75 кПа водорода в течение 3 дней. Катализатор отфильтровывали и промывали метанолом. Объединенный метанольный раствор сконцентрировали и осадок подвергли хроматографии на диоксиде кремния с использованием 20-25%-ного метанола в метиленхлориде с получением 61 мг (61%) указанного в заголовке соединения в виде бесцветного твердого вещества, которое кристаллизовали из смеси метанол-этилацетат, т.пл. 228oС (с разложением). 1Н-ЯМР (DMSO-d6):

Получение (1S, 3S, 4R,8S)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-3-(гипоксантин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (21)
К раствору (1R,3S,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(6-хлорпурин-9-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (120 мг, 0,27 ммоль), меркаптоэтанолу (0,15 мл, 2,1 ммоль) в метаноле (16 мл) добавили метилат натрия (1,62 ммоль, 0,30 мл 5,4 М раствора в метаноле). Способ, аналогичный описанному для примера 20, дал 37 мг (47%) указанного в заголовке соединения в виде гигроскопичного твердого вещества. 1H-ЯМР (DMSO-d6):

Получение (1S, 3S, 4R, 8S)-3-(гуанин-9-ил)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (23)
Способ, аналогичный описанному для примера 18, дал указанное в заголовке соединение (41 мг, 66%) в виде беловатого твердого вещества из (1R,3S,4R, 8S)-1-ацетоксиметил-3-(N2-ацетилгуанин-9-ил)-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (100 мг). 1H-ЯМР (DMSO-d6 + D2O):

Получение (1R, 3R, 4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(тимин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (24)
Реакцию проводили тем же способом, который описан для примера 14, за исключением того, что связывающим реагентом являлся хлорид олова (IV) (0,45 мл) и сахарный субстрат представлял собой (1R,3S,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-метокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октан (202 мг, 0,63 ммоль). Хроматография на диоксиде кремния с использованием 5%-ного ЕtOН в СН2Сl2 дала смесь (233 мг, 89%) из указанного в заголовке соединения (








Получение (1R, 3R,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(урацил-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (25)
Способ, аналогичный описанному для примера 23, после хроматографии на диоксиде кремния с использованием 5%-ного ЕtOН в метиленхлориде дал смесь (267 мг, 87%) указанного в заголовке соединения и его





Аналитически рассчитано для C20H22N2O7,%: С 59,69; Н 5,51; N, 6,96. Обнаружено,%: С 59,45; Н 5,56; N 6,91. Пример 25
Получение (1R,3R,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(N4-бензоилцитозин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (26)
Способ, аналогичный описанному для примера 23, после хроматографии на диоксиде кремния с использованием 5%-ного ЕtOН в метиленхлориде дал 910 мг (90%) указанного в заголовке соединения (


Получение (1S,3R,4R,8S)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-3-(тимин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (27)
К раствору смеси (1R,3R,4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(тимин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана и его




Получение (1S, 3R, 4R, 8S)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-3-(урацил-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (28)
Способ, аналогичный описанному для примера 26, после хроматографии на диоксиде кремния с использованием 10%-ного метанола в метиленхлориде дал 110 мг (76%) указанного в заголовке соединения в виде белого твердого вещества из (1R, 3R, 4R,8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(урацил-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (215 мг, 0,53 ммоль). Указанное в заголовке соединение содержало незначительное количество его


Получение (1S, 3R, 4R,8S)-3-(цитозин-1-ил)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (30)
Способ, аналогичный описанному для примера 26, после хроматографии на диоксиде кремния с использованием 10%-ного МеОН в метиленхлориде дал из (1R, 3R, 4R, 8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-(N4-бензоилцитозин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана 364 мг (65%) (1S,3R,4R,8S)-3-(N4-бензоилцитозин-1-ил)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (760 мг), 120 мг (0,32 ммоль) которого растворили в насыщенном растворе аммиака в метаноле, и раствор перемешивали при комнатной температуре в течение 24 часов. Аммиак и метанол выпаривали, а осадок растворили в воде с последующей тщательной экстракцией хлороформом (5 раз) и затем толуолом (2 раза). Воду выпарили, и кристаллизация из метанола дала 62 мг указанного в заголовке соединения (45 мг кристаллического твердого вещества и 17 мг некристаллического твердого вещества), т.пл. 250oС (с разложением). 1H-ЯМР (CD3OD):

Получение (1R, 3R, 4R, 8S)-1-ацетоксиметил-3-(N2-ацетилгуанин-7-ил)-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (31)
Силилированное основание получили по способу, описанному для примера 17, из N2-ацетилгуанина (386 мг, 2,0 ммоль) и растворили в растворе (1R,3S,4R, 8S)-1-ацетоксиметил-8-бензилокси-3-метокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (477 мг, 1,48 ммоль) в безводном 1,2-дихлорэтане (10 мл) с последующим добавлением хлорида олова (IV) (0,75 мл) в 1,2-дихлорэтане (2,0 мл). Полученную смесь нагревали с обратным холодильником в течение 3 часов, затем при 70oС в течение ночи и охладили до 0oС. Смесь нейтрализовали 2,0 М карбонатом натрия, профильтровали через целит и тщательно экстрагировали хлороформом. Объединенный фильтрат высушивали (Na2SO4) и концентрировали до сухого состояния. Хроматография на диоксиде кремния с использованием 5%-ного ЕtOН в хлороформе дала 297 мг (42%) указанного в заголовке соединения, 73 мг (10%) N9-связанного



Получение (1R, 3R, 4R, 8S)-1-ацетоксиметил-3-(N2-ацетилгуанин-9-ил)-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (32)
Такое же количество силилированного N2-ацетилгуанина, как было описано для примера 29, растворили в растворе (1R,3R,4R,8S)-1-ацетоксиметил-3-(N2-ацетилгуанин-7-ил)-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (370 мг, 0,76 ммоль) в безводном 1,2-дихлорэтане (10 мл) и добавили триметилсилилтрифлат (TMSOTf) (0,54 мг, 3,0 ммоль) в 1,2-дихлорэтане (3 мл). Полученный раствор нагревали с обратным холодильником в течение ночи. Добавили дополнительное количество TMSOTf (0,54 мл) и смесь кипятили с обратным холодильником еще в течение двух дней. Применение того же способа, который был описан для примера 29, после хроматографии на диоксиде кремния с использованием 5%-ного этанола в хлороформе дало 104 мг (28%) интактного исходного материала, 91 мг (25%) указанного в заголовке соединения и 80 мг (22%)


Получение (1S, 3R, 4R, 8S)-3-(гуанин-9-ил)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (33)
Способ, аналогичный описанному для примера 22, после хроматографии дал 52 мг (45%) указанного в заголовке соединения в виде бесцветного твердого вещества, полученного из (1R, 3R, 4R, 8S)-1-ацетоксиметил-3-(N2-ацетилгуанин-9-ил)-8-бензилокси-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (180 мг). Кристаллизация из смеси вода-этанол (9:1) дала кристаллическое вещество, т.пл. 258oС (с разложением). 1H-ЯМР (DMSO):

Получение (1S, 3R,4R,8S)-8-гидрокси-1-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-3-(N4-ацетилцитозин-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана (35)
Раствор (1S, 3R, 4R, 8S)-8-гидрокси-1-гидроксиметил-3-(N4-ацетилцитозинил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (200 мг, 0,64 ммоль) и 4,4'-диметокситритилхлорида (548 мг, 0,61 ммоль) в безводном пиридине (7 мл) выдерживали при комнатной температуре в течение ночи, затем разбавили этилацетатом, промыли солевым раствором и 10%-ным NаНСО3, высушили над сульфатом натрия и сконцентрировали. Хроматография на диоксиде кремния с использованием 10%-ного этанола в хлороформе дала 342 мг (87%) указанного в заголовке соединение в виде бесцветной пены. Аналогичным образом получили (1S,3R,4R,8S)-8-гидрокси-1-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-3-(N4-бензоилцитозин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октан (36) и (1S, 3R, 4R, 8S)-8-гидрокси-1-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-3-(тимин-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октан (34). Пример 33
Получение (1S, 3R,4R,8S)-8-гидрокси-1-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-3-(N4-ацетилцитозин-ил)-2,6-диоксабицикпо[3,2,1] октана 8-O-(2-цианоэтил-N, N-диизопропилфосфорамидита) (38)
К перемешиваемому раствору (1S, 3R,4R,8S)-8-гидрокси-1-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-3-(N4-ацетилцитозин-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана (320 мг, 0,52 ммоль) и диизопропилэтиламина (0,36 мл, 2,08 ммоль) в безводном дихлорметане (6 мл) при 0oС в атмосфере аргона добавляли по каплям 2-цианоэтил-N, N-диизопропилхлорфосфорамидит (0,23 мл, 1,04 ммоль). Полученный раствор перемешивали при температуре окружающей среды в течение 4 часов, охладили во льду, разбавили этилацетатом, промыли охлажденным 10%-ным NаНСО3, высушили над сульфатом натрия и сконцентрировали при комнатной температуре. Хроматография на диоксиде кремния с использованием 5%-ного триэтиламина и 5%-ного ацетона в метиленхлориде дала 376 мг (89%) указанного в заголовке соединения в виде бесцветной пены. Аналогичным образом получили (1S,3R,4R,8S)-8-гидрокси-1-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-3-(N4-бензоилцитозин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1]октана 8-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропилфосфорамидит) (39) и (1S,3R,4R,8S)-8-гидрокси-1-(4,4'-диметокситритилоксиметил)-3-(тимин-1-ил)-2,6-диоксабицикло[3,2,1] октана 8-O-(2-цианоэтил-N,N-диизопропилфосфорамидит) (37). Пример 34
Получение олигонуклеотидов, содержащих 2,4-бициклонуклеотиды
Этот пример иллюстрирует применение фосфорамидитов бициклонуклеозидов 37-39 для синтеза олигонуклетида, содержащего бициклонуклеозиды с 2'-С,4'-С-мостиковой связью. Олигонуклеотиды в этом примере синтезировали с использованием фосфорамидитного способа. Модифицированные олигонуклеотиды синтезировали согласно стандартной процедуре (протокол для ABI 394 Synthesizer от Perkin-Elmer, 1994) за исключением того, что использовали более концентрированный раствор и более продолжительное время реакции сочетания. Растворы для модифицированных фосфорамидитов имели молярность 0,13 М, что является на 30% более концентрированным по сравнению с немодифицированными фосфорамидитами (0,1 М). Для модифицированных фосфорамидитов использовали десять минут времени реакции сочетания, а для немодифицированных фосфорамидитов использовали время сочетания на пять минут дольше по сравнению с модифицированными фосфорамидитами. Выходы продуктов сочетания для модифицированных фосфорамидитов сопоставимы с выходами для немодифицированных фосфорамидитов (98-99%). Модифицированные олигодезоксирибонуклеотиды подвергали очистке с помощью обращенно-фазовой ВЭЖХ и характеризовали с помощью масс-спектрометрии. Следующие синтезированные последовательности приведены в качестве примеров. 5'-d(ATCTCTCCGCTTCCTTTC)-3'
5'-d(ATCTCTCCGCTTCCTTTC)-3'
5'-d(ATCTCTCCGCTTCCTTTC)-3'
5'-d(ATCTCTCCGCTTCCTTTC)-3'
5'-d(ATCTCTCCGCTTCCTTTC)-3'
5'-d(CTTCCTGTCTGATGGCTTC)-3'
5'-d(CTTCCTGTCTGATGGCTTC)-3'
5'-d(CTTCCTGTCTGATGGCTTC)-3'
5'-d(CTTCCTGTCTGATGGCTTC)-3'
5'-d(CTTCCTGTCTGATGGCTTC)-3'-
5'-d(CTTCCTGTCTGATGGCTTC)-3'
где А, С, G и Т - немодифицированные дезоксирибонуклеозиды,
Т - тимидин с 2',4'-С-мостиковой связью,
С - дезоксицитидин с 2',4'-С-мостиковой связью. Пример 35
Гибридизационные свойства олигонуклеотидов, содержащих бициклонуклеотиды с 2'-С,4'-С-мостиковой связью
Гибридизацию модифицированных олигонуклеотидов с комплементарными ДНК и РНК исследовали с помощью измерений термодинамического плавления (Wang et al. Nucleosides Nucleotides 1997, 16, 445). Как видно из таблицы , модификации значительно усиливают гибридизацию с РНК. Для последовательностей, содержащих бициклический тимидин Т, увеличение показателей т.пл. находится в диапазоне 2,2-3,3 градуса на модификацию. Последовательность, содержащая бициклический цитидин С, также имеет более высокие показатели т.пл. по сравнению с немодифицированными олигонуклеотидами, на 2,4o выше на модификацию для последовательности 4 и на 1,9o выше на модификацию для последовательности 5. Последовательность 12, которая содержит ошибочно спаренный нуклеозид (G в середине последовательности заменен на Т), имеет показатель т. пл. на одиннадцать градусов ниже, чем последовательность 10, что характеризует специфичность последовательности. Для последовательностей, в которых все Т и С заменены на Т и С, показатели т.пл. (>90o) были выше настолько, что было невозможно получить точные значения в данной системе измерений. Таким образом, здесь описаны специфические воплощения и использования примеров, а также способы получения новых нуклеозидов и олигонуклеотидов с бициклическими сахарными группировками. Однако для специалистов в данной области будет очевидно, что кроме уже описанных модификаций возможно получение значительно большего количества модификаций без отклонения от сущности изобретения. Поэтому предмет изобретения не должен быть ограничен, кроме как содержанием прилагаемой формулы. Более того, при интерпретации и описания изобретения, и формулы изобретения все термины следует интерпретировать в самом широком смысле сообразно с контекстом. В частности, термины "содержит" и "содержащий" по отношению к элементам, компонентам или стадиям следует трактовать нестрогим образом, показывая, что упоминаемые элементы, компоненты или стадии могут присутствовать, или использоваться, или объединяться с другими элементами, компонентами или стадиями, на которые специально не ссылались.
Формула изобретения

где Х и Y представляют собой О, и где Z представляет собой СН2;
R1 выбран из группы, содержащей аденин, цитозин, гуанин, гипоксантин, урацил и тимин;
R2, R3 независимо выбраны из группы, содержащей ОН, DMTO, TBDMSO, ВnО, ТНРО, АсО, BzO, OP(NiPr2)O(CH2)2CN, или R2 и R3 вместе образуют PhCHO2, (тетраизопропилдисилил)O2 или (ди(трет-бутил)силил)O2. 2. Нуклеозиды с бициклическими сахарными группировками по п. 1, где R2 и R3 представляют собой ОН. 3. Олигонуклеотид, содержащий по меньшей мере один мономер по п. 1. 4. Олигонуклеотид, содержащий по меньшей мере один мономер по п. 2.
РИСУНКИ
Рисунок 1, Рисунок 2, Рисунок 3
Похожие патенты:
Изобретение относится к биотехнологии и может быть использовано в медицине для выявления генетического материала вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ) в пробах
Изобретение относится к композициям (К) для полимеризационной иммобилизации биологических макромолекул в гидрогелях при формировании биочипов К= аА+bВ+сС+dD+еE, включающим А - мономер на основе производных акриловой и метакриловой кислот; В - водорастворимый сшивающий агент; С - модифицированную биологическую макромолекулу, содержащую ненасыщенную группу, D - водорастворимое соединение как компонент среды проведения сополимеризации; Е - воду, где а, b, с, d, е - процентное содержание (Х) каждого компонента в композиции (Х= m/v100% для твердых веществ и Х=v/v100% для жидких веществ), в которой общее содержание мономера и сшивающего агента лежит в интервале 3-40% (3(а+b)(40), соотношение мономера и сшивающего агента находится в пределах 97: 3-60:40, а процентное содержание компонентов С, D и Е находится в пределах 0,0001%с10%; 0%d90%; 5%е95%, способу их приготовления, к модифицированным биологически значимым соединениям ДНК и белкам, биочипу, в котором сформированный на подложке слой ила разделен пустыми промежутками на несколько ячеек, причем каждая из ячеек может содержать либо не содержать иммобилизованные макромолекулы, а макромолекулы, иммобилизованные в разных ячейках, могут различаться по своей природе и свойствам, и двум способам проведения полимеризационно-цепной реакции на биочипе
Изобретение относится к области ветеринарии, в частности к разведению животных
Изобретение относится к области медицинской микробиологии и может быть использовано для диагностики заболеваний, вызванных микобактериями, а также лечения данных заболеваний с помощью антибиотиков
Изобретение относится к органической химии, к солям висмута моеномицина А, пригодным для борьбы с Helicobacter pylori и лечения заболеваний желудка
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к генетической инженерии животных, и может быть использовано в ветеринарной микробиологии для выявления возбудителя некробактериоза жвачных животных Fusobacterium necrophorum и дифференциации его от атипичных форм Fusobacterium pseudonecrophorum и другой микрофлоры
Изобретение относится к способам получения протамина сульфата из молок половозрелых рыб
Изобретение относится к биотехнологии, в частности к генетической инженерии
Изобретение относится к медицине и обеспечивает вещества, которые обладают эффективностью против опухолей и вирусов, относительно которых обычные противоопухолевые агенты и противовирусные агенты демонстрируют лишь недостаточные эффекты, и оказывают канцеростатическое действие и противовирусное действие на различные невосприимчивые опухоли
Изобретение относится к определенным оксипуриновым нуклеозидам, соединениям, родственным данным оксипуриновым нуклеозидам, ацильным производным и составам, которые содержат по крайней мере одно из данных соединений
Изобретение относится к определенным оксипуриновым нуклеозидам, соединениям, родственным данным оксипуриновым нуклеозидам, ацильным производным и составам, которые содержат по крайней мере одно из данных соединений
Изобретение относится к производному пуринового L-нуклеозида формулы (I), где R1, R2', R3' и R4 - Н; R2, R3 и R5 - ОН; Z1 - N; Z2 выбран из N и СН; Z3 - из -NR-, -С(R)2, -S-, где R, одинаковые или разные, выбраны из Н, Br, NH2, алкила и алкенила; Z4 выбран из -С=O, -NR-, -C(R)2-, где R, одинаковые или разные, выбраны из Н и Br; Z5 - N; Х выбран из Н, ОН, SH, -SNH2, -S(O)NH2, -S(O)2NH2; Y - из Н и NН2; W - О, и когда Y представляет собой NH2, тогда Z3 не представляет собой -S-
Изобретение относится к новым ацильным производным гуанозина формулы I, инозина формулы II, ксантозина формулы III, дезоксиинозина формулы IV, дезоксигуанозина формулы V, инозин- 2',3'-(ациклического)диалкоголя формулы VI или к их фармацевтически приемлемым солям
Изобретение относится к O6-замещенным производным гуанина, способу их получения и к их применению для лечения опухолевых клеток
Изобретение относится к новым химическим соединениям - солям 3'-амидопроизводных (1'R, 5'R)-3'-аза-1'-(6-аминопуринил-9)-3'-дезоксигексопиранозил- 6'-дифосфата общей формулы где или Cat+ - катион щелочного металла, в качестве специфических флуоресцентных ингибиторов миозиновой аденозин-5'-трифосфатазы (АТФазы)
Изобретение относится к производным капурамицина и их фармацевтически приемлемым солям общей формулы I где R1 представляет метильную группу, R2 представляет метильную группу, R4 представляет гидроксигруппу и X представляет метиленовую группу; R1 представляет метильную группу, R2 представляет атом водорода, R4 представляет гидроксигруппу и X представляет метиленовую группу; R1 представляет метильную группу, R2 представляет метильную группу, R4 представляет атом водорода и X представляет метиленовую группу; R1 представляет атом водорода, R2 представляет атом водорода, R4 представляет гидроксигруппу и X представляет метиленовую группу; или R1 представляет метильную группу, R2 представляет метильную группу, R4 представляет гидроксигруппу и X представляет атом серы