Стабильное и селективное образование триплексов и дуплексов хугстеновского типа с применением скрученных интеркалирующих нуклеиновых кислот (tina) и способ получения tina
Изобретение относится к области биохимии и молекулярной биологии и может быть использовано для детекции нуклеиновых кислот, диагностики и/или лечения заболеваний. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, содержит скелетную мономерную единицу олигонуклеотида или олигонуклеотидного аналога, которая с помощью алкилендиола и линкера соединена с двумя циклическими кольцевыми системами. Кольцевые системы связаны между собой посредством конъюгатора. Гибкий мономер может быть адаптирован для встраивания в олигонуклеотид. Способ получения олигонуклеотида предусматривает в течение олигонуклеотидного синтеза встраивание гибкого мономера, увеличивающего стэкинг оснований и адаптированного для встраивания в олигонуклеотид. Олигонуклеотид может содержать один или более гибких мономеров, увеличивающих стэкинг оснований. 4 н. и 8 з.п. ф-лы, 6 ил., 4 табл., 10 пр.
Текст описания приведен в факсимильном виде.
1. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, с общей структурой
X-L-I1-C-I2,
где Х представляет собой скелетную мономерную единицу олигонуклеотида или олигонуклеотидного аналога, и где Х соединен с L через алкилендиол,
L представляет собой линкер, включающий алкильную цепь, оксаалкильную цепь, азаалкильную цепь, тиаалкильную цепь, карбоксамидную группу, тиокарбоксамидную группу, сульфонамидную группу или их комбинации, и включает 0-60 атомов;
I1 представляет собой моноциклическую или полициклическую ароматическую кольцевую систему, выбранную из группы, состоящей из бензола, нафталена, азулена и бициклических гетероароматических кольцевых систем,
С представляет собой конъюгатор, выбранный из группы алкила от 1 до 12 атомов углерода, алкенила от 2 до 12 атомов углерода, алкинила от 2 до 25 атомов углерода или диазо или их комбинаций с длиной не более чем 25 атомов углерода или/и атомов азота,
I2 выбран из группы бициклических ароматических кольцевых систем, трициклических ароматических кольцевых систем, тетрациклических ароматических кольцевых систем, пентациклических ароматических кольцевых систем и их гетероароматических аналогов и их замещенных.
2. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где длина скелетной мономерной единицы X, включая атом фосфора, составляет менее чем 6 атомов, где длина скелетной единицы представляет собой наименьшую дистанцию от одного мономера до следующего.
3. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где алкилендиол Х представляет собой этиленгликоль.
4. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где алкенил конъюгатора С представляет собой ацетилен или циклические ацетилены.
5. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.4, где С выбран из группы, содержащей неразветвленную цепь или разветвленную цепь или моноциклические ароматические кольца и их замещенные производные.
6. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где длина L составляет по меньшей мере 2 атома.
7. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где I1 представляет собой бензол.
8. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, где I2 представляет собой пирен.
9. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, по п.1, имеющий формулу
где R представляет собой арилэтинил.
10. Гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, адаптированный для встраивания в олигонуклеотид, с общей структурой
X-L-I1-C-I2,
где Х представляет собой скелетную мономерную единицу, подходящую для включения в олигонуклеотид или олигонуклеотидный аналог, и выбран из группы, состоящей из фосфорамидита, фосфордиамидита, фосфордиэстера, фосфортриэстера, фосфоната, Н-фосфоната, фосфита, хлорфосфита, хлорфосфорамидита, фосфонамидита, фосфонхлоридита, трифосфата, дифосфата,
L представляет собой линкер, включающий алкильную цепь, оксаалкильную цепь, азаалкильную цепь, тиаалкильную цепь, карбоксамидную группу, тиокарбоксамидную группу, сульфонамидную группу или их комбинации, и включает 0-60 атомов;
I1 представляет собой моноциклическую или полициклическую ароматическую кольцевую систему, выбранную из группы, состоящей из бензола, нафталена,
С представляет собой конъюгатор, выбранный из группы алкила от 1 до 12 атомов углерода, алкенила от 2 до 12 атомов углерода, алкинила от 2 до 25 атомов углерода или диазо или их комбинаций с длиной не более чем 25 атомов углерода или/и атомов азота,
I2 выбран из группы бициклических ароматических кольцевых систем, трициклических ароматических кольцевых систем, тетрациклических ароматических кольцевых систем, пентациклических ароматических кольцевых систем и их гетероароматических аналогов и их замещенных производных.
11. Олигонуклеотид для образования двухцепочечных нуклеиновых кислот и триплексных нуклеиновых кислот, где указанный олигонуклеотид включает один или несколько гибких мономеров, увеличивающих стэкинг оснований, по любому из предыдущих пунктов.
12. Способ получения олигонуклеотида по п.11, включающий этапы, на которых:
а. обеспечивают гибкий мономер, увеличивающий стэкинг оснований, подходящий для встраивания в олигонуклеотид, по п.10;
b. обеспечивают стандартные реагенты для олигонуклеотидного синтеза,
с. в течение олигонуклеотидного синтеза встраивают один или несколько гибких мономеров, увеличивающих стэкинг оснований, в олигонуклеотид,
d. таким образом создают олигонуклеотид, включающий гибкий скелетный мономер.